帝国海軍は、スプルーアンス率いる太平洋艦隊とミッドウェーで衝突する。
一方、日本本土空襲を終えたハルゼー艦隊は、一路フィリピンへ向かう。
早期終戦もさることながら、米国の真の狙いは、フィリピン奪還にあった。
しかし、レイテ島に来襲したハルゼーは、日の丸の中に点在するユニオンジャックを目にする。
混乱するハルゼーが、日英艦隊に攻撃をしかけようとしたちょうどそのとき、凄まじい閃光と衝撃波に襲われる。
英国による人類初の核実験であった。
復讐に燃える米国は、急ぎ原子爆弾G2を巨大空母ルーズベルトに積み込み、再度、帝都空襲を目論むのだが……。
最悪最強の新型爆弾は東京に投下されてしまうのか!?　日米艦隊による最終決戦、ついに始まる!